سید محمد خاتمی، رئیس دولت اصلاحات در پیامی سانحه قطار مشهد – یزد را تسلیت گفت. در این پیام آمده است :

بسم‌الله الرحمن الرحیم

می‌گویند حادثه خبر نمی‌کند، ولی ما را چه شده ‌است که باید هر بام و شام خبر از حادثه‌ای وحشتناک بشنویم که حاصل تلخ آن از دست رفتن جان‌ها و آسیب دیدن جسم‌ها و روان‌ها و خسارت‌های فراوان است.

اگر دلسوزی توأم با تدبیر در راه بردن امور جامعه باشد از تعداد این حادثه‌های هول انگیز و زیان های مادی و معنوی آن کاسته نخواهد شد؟

با اندوه فراوان از فاجعه‌ی اخیر که در اثر سانحه‌ی قطار مشهد-یزد پیش آمد تأسف بی‌حد خود را ابراز می‌دارم و از پیشگاه حضرت پروردگار برای جان‌باختگان عزیز رحمت و آمرزش و آرامش و برای آسیب دیدگان شفای عاجل و برای خاندان‌ها و بستگان وابسته صبر و سلامتی و پاداش نیکو مسئلت می‌کنم.