وی در این نامه آورده بود: «سرانجام مصوبه کنکوری شورای عالی انقلاب فرهنگی به دست جنابعالی ابلاغ شد. این اقدام شما با وجود مخالفت گسترده ذینفعان، رسانه‌ها، شخصیت‌های مستقل سیاسی، ۲۷۱ نماینده مجلس و کمیسیون آموزش مجلس صورت گرفت. این کار، تعجب از دولتی را برانگیخت که دعوی عدالتخواهی و انقلابی بودن دارد و باید همه شاهد صدق این عناوین باشیم، ان‌شاءالله. چون سابقه فردی شما با عدالت شناخته می‌شد، این تعجب شدت یافت. علت مخالفت هم آثار ستم برانگیز مفاد و احکام این مصوبه بود. ظالمانه بودن این مصوبه را دیده بان بارها در رسانه‌ها و نامه‌ها خطاب به مسئولان از جمله جنابعالی یادآور شده بود.»

اطلاع ناکافی از کم و کیف ابلاغ
این سخنان تند رئیس دیده‌بان شفافیت خطاب به رئیس جمهور مورد استقبال اصلاح‌طلبان قرار گرفت. روزنامه اعتماد با تیتری بزرگ این اتفاق را ناشی از اختلافات بین نیروهای اصولگرا معرفی کرد و سایر رسانه‌های حامی دولت پیشین نیز از خلاف عدالت خواندن اقدام رئیس جمهور توسط توکلی ابراز خوشحالی کردند. آنها تصور کردند با این اقدام نقطه مرکزی گفتمان دولت مردمی یعنی «عدالت» را نشانه گرفته‌اند. اما شواهد بسیاری نشان می‌دهد این نماینده سابق مجلس از کم و کیف ابلاغ مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی نه تنها اطلاع نداشته که دولت را به بی‌قانونی تشویق کرده است. در واکنش به همین مسأله یک عضو مؤسس سازمان دیده‌بان شفافیت به مخالفت با نامه رئیس دیده‌بان شفافیت پرداخت. احمد امیرآبادی در گفت‌وگو با ایرنا گفت: رئیس جمهور با توجه به جایگاه حقوقی‌اش نمی‌توانست مصوبه کنکوری شورای عالی انقلاب فرهنگی را ابلاغ نکند، طبق قانون رئیس جمهور ملزم به ابلاغ مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی است.
دولت مخالف مصوبه کنکوری بود
عضو هیأت رئیسه مجلس ادامه داد: دولت به واسطه حضور وزرای علوم، آموزش و پرورش، ارشاد و معاون علمی و فناوری و شخص رئیس جمهور در شورای عالی انقلاب فرهنگی، تعدادی از آرای شورا را در اختیار دارد و به همین نسبت با این مصوبه در جلسات شورا مخالفت کرده است. همچنین رضاحاجی‌پور سخنگوی کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس نیز در مصاحبه با ایرنا گفت رئیس جمهور چاره‌ای جز ابلاغ قانون نداشته است.
کارنامه متعارض احمد توکلی
یک عضو شورای عالی انقلاب فرهنگی نیز از زاویه‌ای دیگر به این مسأله پرداخت. محمدحسین ساعی در واکنش به این نامه گفت: متن نامه خیلی خوب نبود. آقای توکلی زمانی احمدی‌نژاد را متهم می‌کرد به اینکه چرا مصوبات مجلس را ابلاغ نمی‌کند و می‌گفت که دیکتاتوری است و احمدی نژاد را با الفاظ زشتی متهم می‌کرد اما الان برعکس آن رفتار عمل می‌کند و می‌گوید چرا رئیس جمهور مصوبه را ابلاغ کرده است. وی افزود: در حالی که انتقاد ما از رئیس جمهور این بود که چرا دیر مصوبه را ابلاغ کرده است. شاید خود آقای رئیسی هم مخالف بوده، ولی وقتی فرآیند طی شده است ایشان به عنوان رئیس جمهور و کسی که حقوق اساسی کشور را می‌فهمد، مصوبه را ابلاغ کرده است.
ماجرای دستور بررسی مجدد مصوبه
ابراهیم سوزنچی عضو دیگر این شورا نیز در واکنش به حاشیه سازی علیه ابلاغ مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی خبر داد: این مصوبه بعد از تغییر اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی (اسفند ۱۴۰۰) بار دیگر یکبار در جلسه پیش از دستور و یک بار در جلسه شورا مطرح شد. بعد از آن آیت‌الله سیدابراهیم رئیسی رئیس‌ جمهور برای اتقان بیشتر با اینکه همه اتفاق نظر داشتند، دستور بررسی بیشتر در مورد آن را دادند و پس از بررسی‌های گسترده در نهایت در جلسه ۸۶۳ شورای عالی انقلاب فرهنگی به تاریخ ۱۷ خرداد تصویب شد. گفتنی است آیت‌الله سیدابراهیم رئیسی ۲۵ تیرماه سال جاری، ماده واحده «تکمیل و اصلاح موادی از سیاست‌ها و ضوابط ساماندهی سنجش و پذیرش متقاضیان ورود به آموزش عالی مصوب ۱۵ تیرماه ۱۴۰۰ را که در جلسات ۸۵۵ و ۸۶۳ مورخ پنجم بهمن ماه ۱۴۰۰ و هفدهم خردادماه ۱۴۰۱ شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصویب رسیده بود را برای اجرا ابلاغ کرد