وزارت ورزش و جوانان در اقدامی برخلاف دستورالعمل این وزارتخانه اقدام به جدایی انجمن آمادگی جسمانی و تبدیل آن به فدراسیون کرد و با وجود مخالفت هایی که از سوی کارشناسان و مسئولان ورزش همگانی صورت گرفت، 26 انجمن، کمیته و گروه دیگر را از این فدراسیون جدا کرد.

اقدام مغرضانه وزارت ورزش و جوانان در مورد فدراسیون ورزشهای همگانی ختم نشد و سینا کلهر معاون فرهنگی و توسعه ورزش همگانی این وزارتخانه در نامه ای با تمدید ماموریت افشین ملایی رئیس فدراسیون مخالفت کرد.

به دنبال این اقدامات ارکان اجرایی فدراسیون ورزشهای همگانی شامل محمدرضا فروحی دبیر فدراسیون، ایمان متقیان نزاد نایب رییس آقایان، نسیم بن یعقوب ثانی نایب رییس بانوان، ناهیده جباری رییس آکادمی، علیرضا مهدوی رئیس سازمان ورزشهای تفریحی و رقابتی و نیما حسن زاده رئیس سازمان توسعه فعالیت بدنی در اعتراض به این تصمیمات از مسئولیت های خود استعفا کردند. در متن استعفای مسئولان اجرایی این فدراسیون آمده است:

« بسم رب الحسین اشفع صدرالحسین باالظهور الحجه
رَبُّ الْمَشْرِقِ وَالْمَغْرِبِ لَا إِلَهَ إِلَّا هُوَ فَاتَّخِذْهُ وَکِیلًا وَاصْبِرْ عَلَی مَا یَقُولُونَ وَاهْجُرْهُمْ هَجْرًا جَمِیلًا
سلام و درود به خانواده بزرگ ورزش همگانی

توفیق خدمت در فدراسیون ورزش‌های همگانی به ملت ایران از مواهب الهی به این‌جانبان بوده که همواره خداوند را به پاس این مرحمت شاکریم.

مسیری که فدراسیون ورزش های همگانی در دو سال اخیر با ریاست دکتر افشین ملایی پیموده است بی شک گام بلندی در تندرستی ملی می باشد و راهبرد ورزش سلامت محور را با مانع زدایی، عدالت گستری و اقتصادی مقاومتی در خدمت رسانی به مردم اجرایی نموده است.

لکن، باور ما بر این است اقدامات اخیر دال بر جداسازی رشته های سلامت محور فدراسیون و ایجاد فدراسیون آمادگی جسمانی که بر خلاف بیانات ریاست محترم جمهور که «حق آزمون و خطا نداریم» ما را در تسلسل باطل این ساختارسازی طی دهه های گذشته، قرار داده است.

ما خود را سرباز نظام جمهوری اسلامی، رهبر معظم انقلاب و دولت مردمی ایران می‌دانیم و در مسیر تحقق آرمان‌های ملی ورزش همگانی مجاهدانه تلاش کردیم. اکنون‌که برای ورزش همگانی کشور؛ تدابیری اتخاذ شده که از اهداف و باورهای خدمتگزاری ما با توجه به بیانات مقام معظم رهبری در خصوص ورزش همگانی فاصله دارد و نظر به تصمیم جدید اتخاذ شده در خصوص پایان دادن به حضور رییس فدراسیون ورزش های همگانی برای ادامه کار زودتر از موعدِ قانونی که با رای نمایندگان مردم در مجمع انتخاب شده و حق الناس است، ناچار در راه عدالت و شفاف سازی برای حق و حقوق ورزش همگانی ملت از سمت خود استعفا می دهیم. باشد که همه ما عاقبت بخیر شویم ان‌شاءالله.»