در بخشی از مستند تلویزیونی تارکد- که به پرونده‌های مهم تاریخ انقلاب می پردازد- آمده است: تیم مورد اعتماد موسوی خوئینی ها هم برای تکمیل تحقیقات به احضار برخی از مسئولان عالی رتبه نیاز پیدا کرد. اما دادستان کل کشور به هیچ وجه با این خواسته موافق نیست.

مخالفت ها علیه پیگیری پرونده به قدری زیاد شده که ۶۱ نفر از مسئولان کشور در نامه ای به آیت الله خمینی از او می خواهند پرونده مختومه شود و بی گناهی افراد متهم شده را نیز ضمانت می کنند. اما رهبر انقلاب به این نامه پاسخی نمی دهد.

اندکی بعد مسئولان پرونده به دیدار آیت الله خمینی می روند و آیت الله موسوی خوئینی ها که از روند پیگیری پرونده رضایت ندارد با اعلام این که درباره متهمان مدارکی وجود نداشته درخواست می کند که با توجه به التهاب سیاسی ایجاد شده در کشور پرونده مختومه شود.

اما دستیار او که در این جلسه حضور دارد به این سخنان معترض است. سید ابراهیم رئیسی همچنان بر روی سرنخ های کشف شده و اعترافات به دست آمده تاکید دارد و حتی اعلام کرده که زیر بار دستور موسوی خوئینی ها برای مختومه شدن پرونده نمی رود. اما با این حال با اصرار موسوی خوئینی ها و پذیرش آیت الله خمینی روز ۸ خرداد ۶۵ پرونده انفجار نخست وزیری بعد از چند سال مختومه شده و تمام متهمان از زندان آزاد می شوند