حضرت امام خمینی(س) در پیامی فرمودند: «اینجانب به اسلام و اولیای عظیم الشأن آن و به ملت اسلام و خصوص ملت مبارز ایران ضایعۀ أسف انگیز شهید بزرگوار و متفکر و فیلسوف و فقیه عالی مقام مرحوم آقای حاج شیخ مرتضی مطهری ـ قدس سره ـ را تسلیت و تبریک عرض می کنم. تسلیت در شهادت شخصیتی که عمر شریف و ارزندۀ خود را در راه اهداف مقدس اسلام صرف کرد و با کجروی ها و انحرافات مبارزۀ سرسختانه کرد، تسلیت در شهادت مردی که در اسلامشناسی و فنون مختلفۀ اسلام و قرآن کریم کم نظیر بود. من فرزند بسیار عزیزی را از دست دادم و در سوگ او نشستم که از شخصیتهایی بود که حاصل عمرم محسوب می شد. در اسلام عزیز با شهادت این فرزند برومند و عالِم جاودان ثُلمهای وارد شد که هیچ چیز جایگزین آن نیست. و تبریک در داشتن این شخصیتهای فداکار که در زندگی و پس از آن با جلوۀ خود نورافشانی کرده و می کنند….» صحیفه امام، جلد ۷، صفحات ۱۷۸
